НДС при экспорте: учитывать ли в расходах уплаченный налог, если в срок не собраны документы для применения ставки 0%?

Компания занималась грузоперевозками экспортируемых товаров, уплачивая по таким операциям НДС по ставке 18%.
В спорный период (до 2011 г.) такие операции облагались НДС по ставке 0%. Условие - представление подтверждающих документов в срок.
Поскольку компания своевременно не собрала полный пакет таких документов, она учла сумму уплаченного НДС в составе расходов при налогообложении прибыли.
Налоговый орган счел, что компания не имела права учитывать НДС таким образом.
Президиум ВАС РФ не согласился с позицией налогового органа и пояснил следующее.
По общему правилу, закрепленному НК РФ, НДС, исчисленный налогоплательщиком по совершенным им операциям, признаваемым объектом налогообложения, уменьшается на налоговые вычеты.
В силу НК РФ при налогообложении прибыли не учитывается в расходах суммы налогов, предъявленных налогоплательщиком покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав), если не предусмотрено иное.
Однако к рассматриваемому случаю это правило не применяется, поскольку оно распространяется на суммы НДС, предъявленные налогоплательщиком.
В данном деле в отношении налога, исчисленного компанией по ставке 18% в связи с неподтверждением права на применение ставки 0%, должны применяться нормы НК РФ об учете названных сумм в составе расходов.
При этом такие суммы должны отражаться в составе расходов в периоде, когда истек 180-дневный срок, предусмотренный для представления подтверждающих документов (а не в периоде истечения трех лет, в течение которых может быть подтверждено право на применение ставки НДС 0%).

Постановление Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 2013-04-09 №  ВАС-15047/12 Суд оставил принятые по делу судебные акты без изменения, поскольку общество заявив, спорные суммы налога на добавленную стоимость в уточненных налоговых декларациях, нарушило трехлетний срок, исчисляемый с даты уплаты налога, в течение которого может быть подано заявление о возврате излишне уплаченной суммы налога

Документ представлен в Системе ГАРАНТ.